一般女性尿道炎感染的部位主要是宫颈，很多人尿道内也会潜藏着衣原体。在临床上观察到70%的宫颈炎的患者沙眼衣原体培养阳性;另一方面，又有22%衣原体阳性的女性无症状。一些患者的症状常表现得不特异，有时仅表现为白带增多，当有尿道炎时，50%左右的病人有尿急、尿频及排尿困难，无尿痛症状或有轻微尿痛。尿道口可有潮红和肿胀，压迫尿道可有少量淡黄色分泌物。可伴有黏液脓性宫颈内膜炎，表现为宫颈水肿、潮红、糜烂，其表面肥大性滤泡是宫颈炎特有的外观，可伴有白带增多及异常阴道出血如性交后出血。
一些宫颈沙眼衣原体感染的妇女表面上看来没有任何的症状和体征，但仔细用阴道镜检查可发现有黏液脓性宫颈炎，伴有子宫颈内柱状上皮细胞的黄色黏液脓性分泌物，非典型性转化带更为常见。用阴道镜检查到的特异性改变包括上皮色白、有斑点、嵌合体型、黏膜白斑和非典型性血管。宫颈的衣原体感染与癌前期或恶性期改变可能有关。
如果没有治疗的黏液脓性宫颈炎可持续一年或更长时间，而且会出现各种临床表现和并发症，如尿道炎、急性尿道炎综合征、子宫内膜炎、成人沙眼衣原体眼部感染等。以宫颈炎为中心的沙眼衣原体播散的危险性可能小于生殖系统淋病播散的危险性。
